Buenas Altza. Te contesto con lo que hemos podido comprobar, aunque la respuesta de momento no es la que te gustaría.
Hoy no se puede desactivar la Segunda División B en el 6.0, y no es por falta de ganas: las divisiones son tablas fijas escritas dentro del propio programa del juego, y el juego cuenta con que esas competiciones existan. Es la misma razón por la que tampoco se puede añadir una división nueva. Lo que sí se puede es cambiar qué equipos las juegan, pero no quitar la competición del mapa.
Sobre el modo PC Fútbol Plus 98-99 que mencionas, lo hemos mirado y tiene su explicación: ese modo no es una opción del juego, es directamente otro programa. En el CD de la Edición de Oro vienen dos ejecutables (el manager normal y un segundo manager) y el Plus tiene además su propia base de datos. O sea que no es que hayan desactivado la Segunda B con un ajuste, es que compilaron otro juego con otra estructura de competiciones.
De hecho, curiosidad: en ese segundo ejecutable los rótulos de «Segunda B - Grupo I, II, III y IV» siguen estando dentro. Así que tampoco la quitaron borrándola, simplemente ese build no la juega.
Dicho esto, no lo damos por cerrado. Tenemos los dos ejecutables del mismo CD, uno con Segunda B y otro sin ella, y comparar cómo declara cada uno sus competiciones es justo el tipo de trabajo con el que sacamos en su día las copas del 7.0 y las divisiones del 2000. Si sale algo, lo contamos por aquí.